Você pode implantar o Apache Derby em dois modos, ou seja, modo incorporado e modo de servidor.
Modo incorporado
Você pode executar o derby no modo integrado usando o aplicativo Java (usando o driver integrado). Se você implementar o Derby no modo integrado, o mecanismo de banco de dados será executado na mesma JVM que o aplicativo Java. Ele começa e para com o aplicativo. Você pode acessar o banco de dados apenas com este aplicativo.
Modo de servidor
No modo servidor, o derby será executado na JVM de um servidor de aplicativos, onde você pode enviar uma solicitação ao servidor para acessá-lo. Ao contrário do modo integrado, vários aplicativos (java) podem enviar uma solicitação ao servidor e acessar o banco de dados.