Como o compilador usa apagamento de tipo, o tempo de execução não rastreia os parâmetros de tipo, portanto, no tempo de execução, a diferença entre Box <Integer> e Box <String> não pode ser verificada usando o operador instanceOf.
Box<Integer> integerBox = new Box<Integer>();
//Compiler Error:
//Cannot perform instanceof check against
//parameterized type Box<Integer>.
//Use the form Box<?> instead since further
//generic type information will be erased at runtime
if(integerBox instanceof Box<Integer>) { }