Isso é usado para extrair caracteres do final de uma string.
Exemplo
@echo off
set str = This message needs changed.
echo %str%
set str = %str:~-8%
echo %str%
A principal coisa a se notar sobre o programa acima é que a mão direita da string é extraída usando o operador ~ -'número de caracteres a serem extraídos '.
Resultado
O comando acima produz a seguinte saída.
This message needs changed.
changed.