Para substituir uma substring por outra string, use o recurso de substituição de string.
Exemplo
@echo off
set str=This message needs changed.
echo %str%
set str=%str:needs=has%
echo %str%
O principal ponto a ser observado sobre o programa acima é que o exemplo substitui a palavra 'need' pela string 'has' por meio da instrução% str: needs = has%
Resultado
O comando acima produz a seguinte saída.
This message needs changed.
This message has changed.