Isso é usado para extrair caracteres do início de uma string.
Exemplo
set str=Helloworld
echo.%str%
set str=%str:~0,5%
echo.%str%
A principal coisa a se notar sobre o programa acima é que ~ 0,5 é usado para especificar os caracteres que precisam ser exibidos. Neste caso, estamos dizendo que o caractere 0 a 5 deve ser exibido.
Resultado
O comando acima produz a seguinte saída.
Helloworld
Hello